Bien que sa vie soit mal connue, on sait qu'il est admis chez les Franciscains en 1525. Il étudie à Séville puis le Trivium et Quadrivium à l'Université de Alcalá de Henares. Une maladie douloureuse le force à abandonner la prédication ; il se consacre alors à l'étude de la science musicale.
À partir de 1549 il commence à écrire des traités sur la musique et particulièrement la Declaración de instrumentos musicales[1], en cinq livres, à laquelle il doit l'essentiel de sa renommée. Le premier livre est consacré à la louange de la musique, les deuxième et troisième à la théorie de la musique, le quatrième aux instruments à clavier et à cordes, le cinquième au contrepoint et à la composition.
Il a composé aussi de la musique pour la vihuela et pour l'orgue.
