De 1999 à 2008, Mena est directeur artistique et chef principal de l'orchestre symphonique de Bilbao. Avec cet orchestre, il réalise des enregistrements pour Naxos, d'œuvres de Jesús Guridi et Andrés Isasi.
Chef principal de l'Orchestre philharmonique de la BBC (2011-2018)
En , le BBC Philharmonic annonce la nomination de Juanjo Mena en tant que neuvième chef principal, dès la saison 2011-2012, avec un contrat initial de trois ans, pour une douze de concerts par an[3],[4]. Mena dirige cet orchestre lors de quatre concerts, avant sa nomination. En 2013, son contrat est prolongé pour trois années supplémentaires.
En 2016, l'Orchestre national d'Espagne nomme Mena en tant que nouveau directeur associé (chef principal invité).
En , Mena reçoit le prix Medalla de Oro de Álava[5].
En , le festival de mai de Cincinnati annonce la nomination de Juanjo Mena en tant chef principal, à compter de la saison 2017-2018, avec un contrat initial de trois ans[9].
↑(en) «Juanjo Mena named chief conductor of the BBC Philharmonic», Gramophone, (lire en ligne, consulté le ).
↑(es) «El director de orquesta Juanjo Mena recibirá la Medalla de Oro de Álava», El Mundo, (lire en ligne, consulté le ).
↑(en) Maria Roberts, «BBC Philharmonic announces new principal guest conductor», International Arts Manager, (lire en ligne, consulté le )
↑(en) Andrew Clements, «Falla: The Three Cornered Hat; Nights in the Gardens of Spain; Homenajes – review; Bavouzet/Lojendio/BBCPO/Mena (Chandos)», The Guardian, (lire en ligne, consulté le ).
↑(en) Tim Ashley, «Montsalvatge: Calidoscopi Simfònic; Simfonia de Rèquiem/Partita 1958/Cinco Canciones Negras – review; Hughes/Mouriz/BBC Philharmonic/Mena (Chandos)», The Guardian, (lire en ligne, consulté le ).
↑(en) Janelle Gelfand, «New conductor for May Festival», Cincinnati Enquirer, (lire en ligne, consulté le ).