Fils d'un violoniste allemand et d'une pianiste japonaise, il étudia le piano et le violon dans sa jeunesse. À partir de 1978, il continue ses études au Musikhochschule de Hanovre, étudiant le violon, le piano et la direction d'orchestre. Plus tard, il étudie à l'Université du Michigan, notamment sous la direction de Gustav Meier. Il a aussi suivi les cours de Sergiu Celibidache, et a plus tard obtenu une bourse d'études à Tanglewood, où il a étudié sous la direction de Leonard Bernstein et Seiji Ozawa[1].
Entre 1991 et 1997, Märkl a été directeur musical du Saarländischen Staatstheaters (théâtre d'État de la Sarre) à Sarrebruck. Entre 1994 et 2000, il a été Generalmusikdirector et directeur d'opéra au théâtre national de Mannheim. Il débuta la direction d'orchestre aux États-Unis en 1999 au Metropolitan Opera, avec Il trovatore[2] et il y dirige à nouveau en avec Turandot[3].
