Implanté à partir de 2004 au Logis de la Chabotterie de Saint-Sulpice-le-Verdon en Vendée, l'ensemble pratiquait exclusivement la musique baroque vocale et instrumentale. Le terme «simphonie» était synonyme d'«ensemble instrumental» aux XII et XIIIe siècles et Marais fait référence au quartier de Paris homonyme, haut-lieu du baroque français à son époque[1].
En 2006, le label Musiques à la Chabotterie voit le jour, tiré du festival du même nom et l'ensemble en assurait la gestion depuis 2013[2].
L'ensemble avait entrepris d'enregistrer une intégrale de la musique de Jean-Baptiste Lully, publiée chez l'éditeur Accord.
En 2020, l'ensemble organise et participe au Festival Marais Baroque à l'Hôtel de Sully à Paris, avec le Centre des Monuments historiques[3].
Il a été dissous par son fondateur, Hugo Reyne, en [4], après trente-trois ans d'activité, plus de mille concerts et avoir enregistré une cinquante de disques[5].