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Luis de Mendoza fait partie du voyage de circumnavigation de Fernand de Magellan, en tant que capitaine du vaisseau Victoria et trésorier général de l'expédition[1]. Le , il participe avec deux autres capitaines (Juan de Cartagena et Gaspar de Quesada), à la «mutinerie de Pâques» contre Magellan lors d'une relâche près de la côte de Patagonie dans la baie San Julián(es). Motivée par des doutes sur la capacité du Portugais Magellan à mener à bien l'expédition espagnole, la mutinerie finit par être matée après que Luis de Mendoza a été tué par surprise par le prévôt (alguazil) Gonzalo Gómez de Espinosa, partisan de Magellan. Lors du jugement des mutins, Luis de Mendoza est déclaré traître et son corps fut démembré.