Le , à 40 ans, il est nommé ministre de l'Intérieur et de l'Administration dans le gouvernement de coalition du conservateur Jerzy Buzek. C'est sous son autorité qu'est créé, le , le bureau central des investigations (CBS).
Dans la perspective des élections sénatoriales du 23 septembre 2001, il est investi dans la circonscription de Gdynia, sous l'étiquette «Bloc Sénat 2001», qui rassemble l'AWS, l'UW, la PO et PiS. Il engrange 113 785 voix et termine ainsi quatrième du scrutin, pour trois sièges à pourvoir.
Il rejoint la Plate-forme civique en 2002. En , il est désigné vice-maréchal de la voïvodie de Poméranie, sous l'autorité de Jan Zarębski. Élu en à la diétine, il est reconduit dans ses responsabilités par Jan Kozłowski, qui l'en relève en .
Il est investi par la PO candidat dans la circonscription de Gdynia pour les élections législatives du 25 septembre 2005. Il y obtient 41 336 votes préférentiels, signe le meilleur score de la circonscription et réussit ainsi son retour à la Diète. Le , il rejoint le «cabinet fantôme» de la PO, sous l'autorité de Jan Rokita, étant responsable de l'Intérieur et des Services secrets.
Le , Marek Biernacki est nommé ministre de la Justice dans le second gouvernement de coalition du libéral Donald Tusk, six jours après la révocation de Jarosław Gowin. Il n'est pas reconduit par Ewa Kopacz quand celle-ci accède au pouvoir, le . Il prend aussitôt la présidence de la commission parlementaire des services secrets.
Il devient en coordinateur des services secrets, avec rang et titre de secrétaire d'État à la chancellerie du président du Conseil des ministres. De nouveau candidat lors des élections législatives du 25 octobre 2015, il parvient à totaliser 42 586 votes préférentiels, restant le député le mieux élu en Poméranie. Il quitte ces fonctions exécutives peu après, du fait d'un changement de majorité.
