Dans la perspective des élections législatives anticipées du 21 octobre 2007, la PO le désigne tête de liste dans la circonscription de Gdańsk, dans la mesure où Tusk se présente dans Varsovie-I. Le jour de l'élection, il totalise 65 993 voix préférentielles. Il établit le meilleur score de la circonscription, devant Maciej Płażyński qui se présente pour PiS, et le deuxième résultat de la voïvodie de Poméranie après Marek Biernacki.
Le , Sławomir Nowak est nommé secrétaire d'État à la chancellerie du président du Conseil des ministres (KPRM) et chef du cabinet politique du président du Conseil, à la suite de la formation du premier gouvernement de coalition de Tusk. Il annonce vouloir quitter ce poste le , afin de prendre les fonctions de vice-président du groupe parlementaire de la Plate-forme civique. Il est désigné à ce poste le et quitte la chancellerie cinq jours plus tard. Le , il est élu président de la fédération PO de Poméranie.
Chef de l'équipe de campagne de Bronisław Komorowski pour l'élection présidentielle anticipée des 20 juin et 4 juillet 2010, il n'est pas reconduit comme vice-président du groupe PO le . Le , Sławomir Nowak devient secrétaire d'État à la chancellerie du président de la République, chargé des Relations avec le gouvernement et le Parlement. Il démissionne alors de la Diète.
Il est toutefois investi de nouveau tête de liste dans la circonscription de Gdańsk pour les élections législatives du 9 octobre 2011. Il y engrange 65 629 votes préférentiels, réalisant une fois encore le meilleur score de sa circonscription et le deuxième de la voïvodie. Il renonce à ses fonctions auprès du chef de l'État le .
Le , Sławomir Nowak est désigné à 36 ans ministre des Transports, des Travaux publics et de l'Économie maritime. Il démissionne le , après que le procureur général a demandé la levée de son immunité parlementaire pour des soupçons de déclaration de patrimoine mensongère. Il est relevé de ses fonctions par le chef de l'État le et son ministère est fusionné avec celui du Développement régional.
Il quitte la Plate-forme civique le , et se voit condamné le en première instance pour faux en écriture. Il annonce alors qu'il démissionne de la Diète, avec effet au . Une partie des chefs d'accusation est abandonnée en appel, du fait d'un accord amiable.
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