Mcely se trouve à 5 km à l'est-nord-est de Loučeň, à 13 km au nord-nord-est de Nymburk et à 52 km au nord-est de Prague[2].
La commune est limitée par Jabkenice au nord-ouest, par Seletice au nord-est, par Křinec au sud-est, par Jíkev au sud, et par Loučeň à l'ouest[3].
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