À l'Assemblée nationale, Michèle Crouzet intègre le groupe La République en marche et la commission des Affaires économiques[2]. Quelques mois après son entrée en fonction, elle se fait remarquer pour ses désaccords avec la ligne politique du parti. Elle signe notamment une motion de soutien du conseil départemental icaunais aux bailleurs sociaux du département, qui s'opposent à la baisse de l'aide au logement voulue par le gouvernement[8]. Début 2019, avec une vingtaine d'autres députés de LREM, elle exprime son souhait de rétablir un impôt sur la fortune, qui avait été supprimé l'année précédente[10].
En , elle est la rapporteure d'une commission d'enquête parlementaire sur l'alimentation industrielle, qui vise à «inciter le secteur de l'agroalimentaire à utiliser moins de sel, moins de gras, moins de sucre et d'additifs dans ses produits» et à éduquer les enfants sur les dangers de la malbouffe[11].
Elle quitte LREM en [12], en désaccord notamment sur le choix des candidats pour les élections municipales. Son entourage indique: «On a prévenu les instances de LaREM maintes fois, ils sont à des années-lumière d'imaginer ce qu'il se passe sur le terrain. Les parlementaires en ont ras le cul, il y a un gros souci d'écoute. C'est un pool de 3-4 personnes qui décident de tout, chez En marche. Les députés sont devenus des députés jetables»[13].
En 2022, elle se représente aux élections législatives mais perd au deuxieme tour face au candidat du Rassemblement national, Julien Odoul, avec 44,16% des voix. Ce revers électoral marque un tournant dans sa carrière politique. Malgré une campagne axée sur la proximité avec les électeurs et des propositions concrètes pour le développement local, Michèle Crouzet n'a pas réussi à convaincre une majorité de votants. Au premier tour, elle avait obtenu 21,52% des voix. Son adversaire, Julien Odoul, a su capter l'électorat avec un discours populiste et des promesses de changement radical, obtenant ainsi la confiance de 55,84% des électeurs au second tour. Ce résultat reflète une tendance plus large de montée en puissance du Rassemblement national dans la région, marquant un échec significatif pour Crouzet et son équipe[15].
En 2024, après la dissolution de l'Assemblée nationale décidée par le président Emmanuel Macron, Michèle Crouzet se présente de nouveau aux élections législatives dans l'Yonne. Malheureusement pour elle, les résultats ne sont pas plus favorables cette fois-ci. Elle échoue à nouveau, terminant troisième au premier tour avec 17,51% des voix, derrière Julien Odoul du Rassemblement national et Nicolas Soret, maire socialiste de Joigny[16].
Candidate aux élections municipales sénonaises
Michèle Crouzet annonce, à la mi-, sa volonté de se présenter aux élections municipales à Sens en 2020, sous l'étiquette de La République en marche. Mais son parti investit une autre candidate, Claude Vivier-Le Got, déjà candidate en 2014 pour le Parti radical[17].
Après avoir fait part de son désir de rester candidate[18], elle est menacée d'exclusion de la part du référent départemental de LREM. Le , Crouzet annonce quitter LREM et conserver sa candidature à Sens. Elle met en cause le choix de Vivier-Le Got en rappelant sa condamnation à un an d'inéligibilité en 2014 après le rejet de son compte de campagne[17].
Au premier tour, la liste de Michèle Crouzet termine cinquième avec 9,1% de voix[19].
Candidate aux élections départementales
En 2021, Michèle Crouzet, conseillère départementale sortante, décide de se représenter aux élections départementales avec Steve Campagne, son collaborateur parlementaire, en raison de divergences avec son ancien binôme, Alexandre Bouchier, maire de Saint-Denis-les-Sens. Leur équipe inclut également deux suppléants: Eve Janot, médecin généraliste, et André Pitou, maire de Sergines[20]. Ils terminent troisième au premier tour avec 23,75% des voix[21].
