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Lors des élections municipales de 1987, il est élu conseiller municipal à Pontevedra, en tant que seul représentant du Bloc nationaliste galicien (BNG). Le groupement local du parti nationaliste a augmenté le nombre de conseillers jusqu'à en obtenir 10 aux élections municipales de 1999, ce qui lui a permis de gouverner en minorité. Il devient ainsi le premier maire d'un parti de gauche dans la ville depuis la fin de la Seconde République.
Après les élections municipales de 2003, où le BNG a de nouveau obtenu 10 conseillers, il a gouverné en coalition avec le Parti socialiste de Galice, un accord renouvelé après les élections municipales de 2007, mais avec seulement 7 conseillers.
Lors des élections municipales de 2011, il a obtenu 11 conseillers, il a donc continué à gouverner, en coalition avec les socialistes.
En 2013, Fernández Lores a reçu le prix national Pablo de Tarso, décerné par l'Institut mexicain d'évaluation (IMDE) en collaboration avec l'organisme de la société civile, l'Instituto Mejores Gobernantes Asociación Civil, en alliance avec l'Université pontificale de Salamanque. Il lui a été décerné comme meilleur maire pour sa contribution au développement de son pays et de sa ville par la bonne gouvernance[2].
Aux élections municipales de 2019, sa candidature a obtenu 11 conseillers contre les 9 obtenus par le Parti populaire de Galice, 4 du PSdeG et 1 du Ciudadanos. Il a formé un gouvernement avec PSdeG ajoutant 15 procédure contre 10 pour les PP+Cs.
En , il a annoncé son intention de se représenter comme candidat Bloc nationaliste galicien aux nouvelles élections municipales, avec un projet dans 8 ou 10 ans car «ce qui me motive ce n'est pas de voir des choses qui sont déjà en cours, mais d'en entreprendre et d'en finir d'autres nouvelles». Des mois plus tard, en , il remplit le parc des expositions de Pontevedra avec plus de 2000 personnes lors d'un dîner pour "célébrer Pontevedra" et a poursuivi sa campagne en présentant le liste avec laquelle il concourra pour obtenir un nouveau mandat aux élections municipales de 2023.
