Le , il est nommé ministre des Affaires humanitaires et du Développement dans le gouvernement de salut syrien, alors présidé par Ali Keda[8]. Le , il est reconduit dans ses fonctions[9]. Au journaliste français Wassim Nasr, il déclare que le plus grand défi auquel son ministère est confronté «réside dans le décompte du nombre de personnes déplacées dans les camps légaux et illégaux»[10]. Il affirme avoir «essayé de construire des camps avec de meilleures conditions sanitaires, afin de vider les camps illégaux» mais «certains logements qui étaient prévus pour reloger les déplacés des camps illégaux ont été affectés aux sinistrés des séismes»[11],[12].
Le , il est élu président du gouvernement de salut syrien par le Conseil général de la Choura[13], qui valide la composition de son gouvernement le [14].
Président du Conseil des ministres de Syrie
Le , après le renversement de la dictature de Bachar el-Assad, il participe à une réunion avec le dernier Premier ministre d'al-Assad, Mohammad Ghazi al-Jalali, et le chef des rebelles victorieux, Abou Mohammed al-Joulani, au cours de laquelle ils conviennent des modalités d'un transfert pacifique du pouvoir[15],[16]. Le frère d'Abou Mohammed al-Joulani, Hazem al-Charaa, participe également à la réunion[17]. Le même jour, le commandement général des factions de l'opposition syrienne annonce la nomination de Mohammed al-Bachir à la tête du gouvernement de transition syrien[15]. Celle-ci devient effective dès le lendemain et l'intégralité des membres du gouvernement de salut syrien sont renommés au sein de la nouvelle administration censée diriger la Syrie «jusqu'au début du lancement du processus constitutionnel» le [18],[19],[20],[21]. L'envoyé spécial(en) du secrétaire général des Nations unies en Syrie, Geir Pedersen(en), annonce que la nomination d'al-Bachir est contestée par de nombreux Syriens, qui craignent «qu'un groupe puisse ainsi monopoliser le pouvoir». Il appelle à lancer un «processus plus inclusif»[22]. De même, le Front du retour et de la construction, dénonce la nomination d'une personnalité d'HTC «sans concertations avec les élites politiques syriennes»[23].
Le , il est filmé en train de pleurer lors d'une «cérémonie d'hommage aux martyrs» de l'offensive rebelle de 2024, qui a entraîné la chute du régime de Bachar al-Assad[26],[27],[28].
Le , Mohammed al-Bachir annonce la conclusion d'un accord avec la Turquie«pour que soient fournis à la Syrie six millions de mètres cubes de gaz naturel par jour via le gazoduc Kilis-Alep», affirmant que cette livraison permettra d'«augmenter les heures de fourniture d'électricité» et d'«améliorer la situation énergétique» du pays[31].
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