La commune de Natalyne se trouve sur la rive orientale de rivière Berestova, affluent de rive droite de la rivière Oril, dans le système hydrologique de la rive gauche du fleuve Dniepr. Assise à 103 mètres d'altitude, elle se situe à 3,6 km au sud-est de la ville de Berestyn et à 89,8 km au sud-ouest de la ville de Kharkiv.
Depuis la réforme administrative de 2020, la commune de Natalyne est le siège d'une communauté territoriale homonyme (uk) regroupant les localités suivantes : Balky, Droujba, Sadove, Berezivka, Varvarivka, Vilne, Vilkhovyï Rih, Voznessenske, Volodymyrivka, Hadriatch, Dobrenka, Kamianka, Kobzivka, Kobzivka Drouha, Kopanky, Lypnianka, Loukachivka, Martynivka, Makhovyk, Novopavlivka, Odradivka, Oleksandrivka, Petrivka, Popivka, Rozdollia, Sosnivka, Oulianivka, Chkavrove et Iasna Poliana[2].