Pour ses transports aériens, le président voyage quasi exclusivement dans un avion de la flotte présidentielle gérée par le Groupe de transport présidentiel (Presidential Airlift Group), dépendant de la 89eescadre de transport aérien de l'US Air Force (indicatif d'appel Air Force One) ou dans un hélicoptère de l'escadron HMX-1 du Corps des Marines (indicatif d'appel Marine One).
À ce jour (), l'indicatif d'appel Navy One n'a été utilisé qu'une fois[2], le lorsque le président George W. Bush apponta sur l'USSAbraham Lincoln, pour y prononcer son discours "Mission Accomplished" ("Mission accomplie") annonçant la fin des combats après l'invasion de l'Irak. Il était à bord d'un S-3 Viking, piloté par le Navy Commander John "Skip" Lussier. Outre les polémiques liées au message délivré, cette arrivée par appontage d'un avion de l'aéronavale fut critiquée pour son aspect théâtral et les risques pris, inhérents à une telle arrivée. La première réponse officielle de la Maison Blanche fut d'objecter que l'emploi classique de l'hélicoptère était exclu compte tenu des distances à parcourir, ce qui se révéla faux puisque le porte-avions n'était alors qu'à 48 km du port de San Diego[3], donc à une distance suffisamment réduite pour permettre l'emploi de l'hélicoptère Marine One. La Maison Blanche corrigea par la suite en indiquant que cela avait été prévu comme cela car le porte-avions initialement devait se trouver à une plus grande distance des côtes et que le président souhaitait voir un appontage à la manière dont un pilote de l'aéronavale le voit. Les médias indiquèrent que cela donnait surtout l'occasion au président d'apparaître en chef de guerre, descendant d'un avion de combat en tenue de pilote.
