En 2009, il dispute 78 parties avec le grand club, frappant pour,238 avec 8 circuits et 30 points produits.
En 85 matchs joués en 2010, Hundley égale son total de circuits (8) de l'année précédente et produit un sommet personnel de 43 points.
En 2011, il élève sa moyenne au bâton à ,288. Il bat son record de circuits, avec 9 durant l'année, et il produit 29 points en 82 parties jouées.
En 2012, sa moyenne au bâton reste sous la ligne de Mendoza alors qu'il ne frappe que pour ,157 en 58 parties jouées. En revanche, 2013 est la saison où il voit le plus d'action depuis son arrivée dans les majeures: en 114 matchs des Padres, il frappe pour ,233 avec des sommets personnels de 13 circuits et 44 points produits.
Avant de quitter San Diego en 2014, Hundley frappe pour ,271 avec un circuit en 33 matchs joués.
