Nobecovirus - Wikiwand

Nobecovirus est un sous-genre de virus du genre Betacoronavirus^[1]. Les virus du groupe étaient auparavant connus sous le nom de coronavirus du groupe 2d^[2]^,^[3].

Règne Orthornavirae

Embranchement Pisuviricota

Classe Pisoniviricetes

Ordre Nidovirales

Faits en bref Règne, Embranchement ...

Nobecovirus

Classement des nobecovirus au sein des familles virales

Classification
Règne	Orthornavirae
Embranchement	Pisuviricota
Classe	Pisoniviricetes
Ordre	Nidovirales
Famille	Coronaviridae
Sous-famille	Orthocoronavirinae
Genre	Betacoronavirus

Sous-genre

Nobecovirus
ICTV^[1]

Espèces de rang inférieur

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D'après la taxonomie ICTV de 2019, trois espèces sont recensées dans ce sous-genre. Ce sont trois coronavirus de chauve-souris d'Asie ou d'Afrique.

Structure

Les virus de ce sous-genre, comme d'autres coronavirus, ont une enveloppe bicouche lipidique dans laquelle les protéines structurales de membrane (M), d'enveloppe (E) et de pointe (S) sont ancrées^[4].

Position phylogénétique

β-CoV^[5]

Embecovirus

	Coronavirus humain HKU1 (HCoV HKU1)

	Coronavirus murin (MCoV ou MHV)

MrufCoV 2JL14

	Betacoronavirus 1 (BCoV, HCoV OC43, etc.)

	ChRCoV HKU24

Merbecovirus

EriCoV 1^[6]

MERSr-CoV

	Ty-BatCoV HKU4

	Pi-BatCoV HKU5

Nobecovirus

Ei-BatCoV C704

	RO-BatCoV GCCDC1

	RO-BatCoV HKU9

Hibecovirus

Hp-betaCoV Zhejiang2013

Sarbecovirus

SARSr-CoV JL2012 (chauve-souris)^[7]

(…)

	SARSr-CoV WIV1 (Rhinolophus sinicus)

	SARSr-CoV RsSHC014 (Rhinolophus sinicus)

	Civet-SARSr-CoV (civette)

	SARS-CoV-1 (humain ; SRAS)

Rc-o319 (Rhinolophus cornutus, Japon)^[8]

(…)

Pangolin SARSr-CoV-GX^[9]

Pangolin SARSr-CoV-GD^[10]

	RshSTT182 (Rhinolophus shameli, Cambodge)^[11]

	RshSTT200 (Rhinolophus shameli, Cambodge)^[11]

	RacCS203 (Rhinolophus acuminatus, Thaïlande)^[12]

	RmYN02 (Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan)^[13]

	RaTG13 (Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan)^[14]

	SARS-CoV-2 (humain ; CoViD-19)

Voir aussi

Embecovirus (groupe 2a)
Sarbecovirus (groupe 2b)
Merbecovirus (groupe 2c)

Références

[1]
(en) « Virus Taxonomy: 2019 Release », ICTV, juillet 2018 (consulté le 3 avril 2021).
[2]
Woo, Wang, Lau et Xu, « Comparative Analysis of Twelve Genomes of Three Novel Group 2c and Group 2d Coronaviruses Reveals Unique Group and Subgroup Features », Journal of Virology, vol. 81, n^o 4,‎ février 2007, p. 1574–1585 (ISSN 0022-538X, PMID 17121802, PMCID 1797546, DOI 10.1128/JVI.02182-06, lire en ligne) :
« See figure 2. »
[3]
Wong, Li, Lau et Woo, « Global Epidemiology of Bat Coronaviruses », Viruses, vol. 11, n^o 2,‎ 20 février 2019 (ISSN 1999-4915, PMID 30791586, PMCID 6409556, DOI 10.3390/v11020174, lire en ligne) :
« CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus. Within Betacoronavirus, they can be further subclassified into lineages A, B, C and D [1]. In 2018, these four lineages were reclassified as subgenera of Betacoronavirus, and renamed as Embecovirus (previous lineage A), Sarbecovirus (previous lineage B), Merbecovirus (previous lineage C) and Nobecovirus (previous lineage D) [2]. In addition, a fifth subgenus, Hibecovirus, was also included (Figure 1) [2]. »
[4]
Woo, Huang, Lau et Yuen, « Coronavirus Genomics and Bioinformatics Analysis », Viruses, vol. 2, n^o 8,‎ 24 août 2010, p. 1804–1820 (ISSN 1999-4915, PMID 21994708, PMCID 3185738, DOI 10.3390/v2081803, lire en ligne) :
« The presence of HE genes exclusively in members of Betacoronavirus subgroup A, but not members of Betacoronavirus subgroup B, C and D suggested that the recombination had probably occurred in the ancestor of members of Betacoronavirus subgroup A, after diverging from the ancestor of other subgroups of Betacoronavirus. »
[5]
DOI 10.1186/s44149-021-00005-9
[6]
DOI 10.1128/JVI.01600-13
[7]
DOI 10.1073/pnas.0506735102
[8]
Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, n^o 12,‎ décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386)
[9]
Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, n^o 7815,‎ 9 juillet 2020, p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0)
[10]
Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, n^o 5,‎ 14 mai 2020, e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421)
[11]
(en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, 26 janvier 2021 (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212
[12]
S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, n^o 1,‎ 9 février 2021, p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1)
[13]
H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, n^o 11,‎ 8 juin 2020, p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023)
[14]
« Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, n^o 7836,‎ décembre 2020, E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne)

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