De 2005 à 2009, Quintanilla fait l'aller-retour entre les ligues mineures et l'équipe des Rockies[3]. En 2008, il joue 81 parties pour Colorado, son plus haut total en une saison, et compte 50 coups sûrs et 15 points produits. Le , il frappe son premier coup de circuit dans le baseball majeur, face à Ryan Dempster des Cubs de Chicago[4].
En , il est suspendu pour 50 parties pour avoir violé la politique antidopage des ligues mineures de baseball[5].
Après une année 2010 passée en ligues mineures avec un club-école des Rockies[3] avant de purger sa suspension, il devient agent libre et rejoint les Rangers du Texas, pour qui il ne joue que 11 parties pendant la saison 2011. Il redevient agent libre le 3 septembre[6]. Le , il rejoint les Mets de New York via un contrat des ligues mineures[7]. Après 29 parties jouées pour les Mets en 2012, il est échangé aux Orioles de Baltimore le 20 juillet. Il retourne aux Mets où il dispute les saisons 2013 et 2014 avant de rejoindre avant la saison 2015 son premier club, les Rockies du Colorado.
