Le 8 mai 1945, dans une salle d’un petit tribunal de l'île de Symi, le Generalmajor[a] Wagener, commandant des forces allemandes dans le Dodécanèse (mer Égée), signe les actes de capitulation sans condition des unités la Wehrmacht déployées dans la région.
Après la guerre, il participe à la défense de Posen (aujourd'hui Poznań, en Pologne), mais doit s'enfuir dans les Pays baltes pour éviter une arrestation. Il y unifie les Freikorps de la Légion allemande(de) après l'assassinat de leur chef Paul Siewert.
En 1929, Wagener rejoint le parti nazi et la SA, sous l'influence de son ancien camarade des Freikorps, Franz Pfeffer.
Utilisé par Hitler comme chef d'état-major de la SA d' à , il en prend le commandement par intérim pour quelques mois avant le retour de Ernst Röhm au début du mois de . Ensuite, il devient conseiller du parti en matière économique, puis commissaire du Reich pour l'économie d' à , date à laquelle il est remplacé dans ces fonctions par Wilhelm Keppler.
Après la nuit des Longs Couteaux, Wagener est détenu pendant une courte période. Néanmoins, il est réhabilité et reprend sa carrière dans l'armée.
Il obtient alors le commandement d’une unité forte de 6 000 hommes dans les îles grecques du Dodécanèse. En 1945, il est arrêté et détenu par les Britanniques; puis il séjourne de 1947 à 1952 dans un camp de prisonniers de guerre en Italie. Il écrit ses mémoires Hitler aus nächster Nähe. Aufzeichnungen eines Vertrauten 1929−1932; ceux-ci sont publiés en 1978, soit six ans après sa mort, par l'historien américain Henry Ashby Turner(en).
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