Patrick Fischer a débuté en LNA en 1992, avec l'équipe de Zoug. En 1997, il s'engage avec le HC Lugano, avant de changer à nouveau de club en 1999, signant cette fois-ci un contrat avec le HC Davos. Il remporte en 2002 le titre de champion de Suisse avec l'équipe grisonne.
En 2003, l'EV Zoug, après une séance décevante, engage Sean Simpson comme entraîneur. Celui-ci avait été champions avec les juniors élites de Zoug en 1994 et champion suisse en 1998. Avec Simpson, trois de ses anciens juniors, Fischer et ses amis d'enfance Livio Fazio et Daniel Giger reviennent à Zoug[3].
Lors du camp d'entraînement préparatoire à la saison 2007-2008, il ne parvient pas à s'assurer une place fixe avec les Coyotes, et décide donc de revenir dans son ancienne équipe, l'EV Zoug. En , il s'engage avec le SKA Saint-Pétersbourg et devient peu après le premier joueur de champ Suisse à disputer une partie dans la Superliga. Après 5 matchs avec Saint-Pétersbourg, il revient une ultime fois à Zoug et met un terme définitif à sa carrière à la fin de la saison 2008-2009.
Après sa carrière de joueur, Patrick Fischer devient entraîneur. Il signe en un premier contrat avec le mouvement junior du HC Lugano[4], devenant l'assistant des juniors élites du club tessinois[5]. Avant le début de la saison 2011-2012, il est nommé assistant de la première équipe, qui milite en LNA par le nouvel entraîneur Barry Smith[6]. Il remplace temporairement le technicien canadien lorsque celui-ci pose sa démission[7], avant que Larry Huras ne soit engagé[8], remportant deux victoires[8].
Tout en conservant son poste d’entraîneur assistant à Lugano, Patrick Fischer est nommé, en , lors d’un rassemblement, entraîneur assistant de l’équipe de Suisse des moins de vingt ans. Il y seconde Colin Muller[9]. Il participe aussi au championnat du monde junior de 2013, où il assiste Sean Simpson[10].
En hommage pour sa carrière de joueur, le numéro 21 a été retiré par l'EVZ[11].
Famille
Son frère aîné, Marco Fischer, est lui aussi un ancien joueur de hockey sur glace professionnel; il a remporté le championnat suisse en 1998 avec l'EV Zoug[12].