Les travaillistes remportent les élections de 2017 et la nouvelle Première ministre Jacinda Ardern nomme Peeni Henare ministre de la Santé maorie (adjoint au ministre de la Santé David Clark) dans son gouvernement[8]. Il est également ministre de la Jeunesse de 2017 à 2020, et ministre de la Défense civile de juin 2019 à novembre 2020[8]. C'est à cette fonction de responsable de la défense civile, et en concertation avec la Première ministre, qu'il décrète un état d'urgence de mars à mai 2020, en réponse à la pandémie de Covid-19 en Nouvelle-Zélande[10]. Il encourage par ailleurs les Maoris à être vaccinés, le taux de vaccination des Maoris contre la Covid-19 étant inférieur à la moyenne nationale[11].
Bien que parlant lui-même couramment le maori, il n'est pas favorable à ce que l'enseignement de cette langue soit obligatoire dans les écoles du pays, car il souhaite qu'elle soit la langue des Maoris plutôt que de tous les Néo-Zélandais[5].