La recette du prekmurska gibanica est assez complexe et longue à réaliser.
Le gâteau est composé de pâte brisée, de pâte filo, de quatre types de farces et de deux nappages (l'un à la crème fraîche et l'autre au beurre ou à la margarine), le tout agencé à la manière d'un mille-feuilles.
Les quatre farces utilisées sont aux graines de pavots, à la pomme, au cottage cheese et aux noix.
Le gâteau est une superposition de couches de farces nappées au beurre et à la crème fraiche, séparées entre elles par de la pate filo.
Chaque couche est composée d'une des quatre farces dans l'ordre suivant (de bas en haut) : pavot, pomme, cottage cheese, noix, le tout répété deux fois pour obtenir huit couches.
Le fond de la pâtisserie est en pâte brisée. Avant d'être enfourné, l'ensemble est une fois de plus nappé de crème au beurre et de crème fraîche auxquelles des jaunes d'œufs ont été ajoutés.
Le prekmurska gibanica est préparé soit dans un plat carré soit dans un plat rond. Il est alors découpé soit en parts rectangulaires, soit en part triangulaires.