Il paraît avoir sympathisé avec les idées de la Révolution d'abord, et lors des guerres de Vendée traitait les blessés républicains.
Lucas de La Championnière, dans ses "Mémoires sur la guerre de Vendée", parle de "Hardouin, chirurgien militaire pris par Charette à Machecoul, que celui-ci mit à la tête de l'hôpital et qui soigna parfaitement les blessés et malades des deux camps... l'hôpital est surchargé de blessés des deux bords, mais là encore il faut dire que d'un côté comme de l'autre ils sont souvent achevés. Le chirurgien Hardouin, républicain prisonnier de Charette, dirige l'hôpital...".
Il semble avoir changé d'opinion politique, puisqu'il est le chef du soulèvement vendéen à Bouin en mars, 1793. Il en est nommé par Charette commandant de paroisse.
Il épousa, le , Marie-Cécile Haumont, fille du chirurgien de Bouin Laurent Dupont-Haumont, qui publia dans le Journal de médecine, chirurgie et pharmacie, en 1761, un article sur la paracentèse, alors procédure expérimentale, et de Cécile Bethus.
