En 2012, il se présente à la Chambre des représentants des États-Unis dans le 12edistrict de Géorgie. Durant la primaire, il s'oppose principalement à l'avocat d'Evans, Wright McLeod. C'est pourtant l'ancien représentant d'État Lee Anderson qui arrive en tête du premier tour avec 34% des suffrages, devant Allen (26%) et McLeod (25%). Au second tour de la primaire, Allen est battu de 159 voix par Anderson, qui perd finalement l'élection face au démocrate sortant John Barrow[5].
Allen est à nouveau candidat en 2014. Il remporte la primaire républicaine dès le premier tour avec 54% des suffrages. Barrow est la cible des républicains depuis plusieurs élections, étant élu d'un district conservateur, notamment depuis le redécoupage des circonscriptions de 2012. Cependant, Allen a d'abord des difficultés à lever des fonds face au démocrate soutenu par la Chambre de commerce des États-Unis et la National Rifle Association of America[6]. Il dépense cependant 1 million de dollars de sa fortune personnelle pour mener sa campagne[3], durant laquelle il tente de lier Barrow au président Barack Obama alors impopulaire[1]. Allen est élu représentant avec 54,8% des voix face à Barrow[7].
En , il provoque une polémique. Avant le vote d'un amendement (finalement rejeté) pour interdire la discrimination envers les personnes LGBT, il cite des versets de la Bible selon lesquels les homosexuels méritent la mort[8],[9]. Il est facilement réélu en , 2018, 2020, 2022 et 2024.
