À Ljubljana, il fonda l'École slovène de la peinture et du dessin impressionniste qui précéda l'Académie des beaux-arts et du design de Ljubljana de l'université de Ljubljana. Dans cette ville, il construisit également un pavillon (Pavillon Jakopič) dans le parc Tivoli. Le pavillon était basé sur les plans de l'architecte Max Fabiani. Ce pavillon devint à l'époque un lieu important d'expositions artistiques. L'auteur fut également un des premiers membres de l'Académie slovène des arts et des sciences fondée en 1938. Il fut aussi l'un des initiateurs de la création de la Galerie nationale de Slovénie. Plus de 1 200 peintures et 650 dessins du peintre ont été conservés. Il meurt en 1943 à Ljubljana.
En 1962, à la suite de la construction d'une ligne de chemin de fer, le pavillon Jakopič fut détruit. En 1968, une statue de Jakopič sculptée par Janez Boljka(sl) fut érigée à proximité du site original du pavillon et une nouvelle galerie Jakopič fut construite en ville. Depuis 1969, le Prix Jakopič, la plus haute récompense dans le domaine des Beaux-Arts en Slovénie, est offerte chaque année. Jakopič était représenté sur les anciens billets de 100 tolars avant le passage à l'euro de la Slovénie. Sur le billet se trouvaient également des détails de ses peintures et les plans de son pavillon.
