Aux yeux de nombreux anthropologues modernes, la principale caractéristique de Robert Knox est son racisme virulent. Cela a éclipsé certaines de ses découvertes.
Il est en effet considéré comme le « père fondateur » du polygénisme scientifique en Grande-Bretagne[1]. Il soutient dans « The Races of Men »[2] (1850) que les natures raciales, parce qu'elles seraient déterminées par le climat et le sol, sont stables à travers les générations et procèdent de différences déjà présentes dans l'embryon, si bien que, selon lui, les races ne sont pas des espèces différentes d'un genre homo unique mais des genres différents.
C'est ce qui l'amène à soutenir des positions anticolonialistes, chaque « race » ne pouvant prospérer que sous son climat, tout en affirmant la supériorité de la race « saxonne », en particulier sur les « Celtes », c'est-à-dire les Irlandais, les Highlanders et les Gallois.