La Congrégation de Notre-Dame offre l'enseignement aux jeunes filles à partir de 1697. Cependant, elle quitte la localité en 1788 car leur couvent est menacé d'un éboulement et aussi à cause du déplacement du noyau institutionnel à son site actuel. Il faut attendre à 1848 avant que l'on construise deux écoles de rang à Champlain. Le curé et les villageois manifestent pour que des religieuses s'installent dans le village. On considèrent que celles-ci offrent un enseignement supérieur aux jeunes filles de former de futures enseignantes[1].
Les sœurs du Bon-Pasteur de Québec sont fondées en 1850. Ces dernières ouvrent leurs 7e pensionnat-école à Champlain en 1870. Elles répondent à un besoin pressant pour le village, car celui-ci ne possède pas d'établissement scolaire depuis 1788[2].En 1882, le premier édifice est devenu trop petit face à la croissance du nombre de pensionnaires. La construction est offerte à l'architecte et entrepreneur Gédéon Leblanc, qui conçoit un couvent-école de style Second Empire, style très répandu au Québec à l'époque. Il s'agit du même architecte qui a conçu l'église Notre-Dame-de-la-Visitation qui est situé juste en face. Fait notable, l'utilisation de la maçonnerie en brique est plutôt rare à Champlain[1].
L'édifice est utilisé comme école jusqu'en 1963. Les sœurs du Bon-Pasteur occupent l'édifice jusqu'en 1978. Il est converti pour le logement social en 1983. La résidence du Bon-Pasteur est citée comme immeuble patrimonial par la municipalité de Champlain le . La protection ne s'applique qu'à l’enveloppe extérieur de l'édifice[1].
