Président du parti islamiste Ennahdha, d' à , il est arrêté le et comparaît devant le tribunal militaire, lors du procès engagé contre 265 dirigeants du parti en 1992. Condamné à mort pour complot contre l'État, il voit sa peine commuée en réclusion à perpétuité[1]. Il passe 18 ans dans les prisons tunisiennes sous le régime du président Zine el-Abidine Ben Ali, dont quatorze dans un isolement total. À la suite d'une grâce présidentielle, il est remis en liberté le , mais arrêté le 3 décembre après son intervention par téléphone sur la chaîne londonienneAl Hiwar, où il demande la légalisation de son parti[2]. Condamné à une peine d'une année d'emprisonnement ferme, il quitte définitivement la prison le [3].
En , il rappelle aux sit-inneurs et grévistes qui paralysent l'économie du pays la gravité de ce qu'ils font et appelle à les châtier sévèrement, citant un verset du Coran[6].