Les origines de San Giuseppe Jato remontent à l'antique cité grecque de Jaitas, fondée sur un peuplement bien plus ancien, attribué aux populations sicano-élymes de la Sicile occidentale (Ier millénaire av. J.-C.). La première mention historique, bien que contestée, provient de Thucydide, qui évoque l'occupation de la ville par Gylippe lors de sa marche vers Syracuse[2].
Au Moyen Âge, la région fut occupée par les Arabes, puis par les Normands. La cité antique de Jaitas fut détruite en 1224 par Frédéric II, qui déporta ses habitants à Lucera. Les fouilles archéologiques ont mis au jour des vestiges importants, tels que les remparts, un théâtre, un bouleutérion, une agora, un temple dédié à Aphrodite, et une maison hellénistique[3].
Le village moderne fut fondé en 1778 par le marquis Giuseppe Beccadelli di Bologna, secrétaire du Roi de Naples et de Sicile, qui obtient la licence de peuplement (licentia populandi) pour établir une communauté sur les terres acquises aux Jésuites[4]. Initialement nommé San Giuseppe dei Mortilli, le village fut rebaptisé San Giuseppe Jato en 1862, en hommage à l'ancienne cité de Jaitas. En 1838, une importante coulée de boue détruisit une grande partie du village, conduisant à sa reconstruction et à la fondation du village voisin de San Cipirello[5].
Au XXe siècle, San Giuseppe Jato fut le théâtre d'événements tragiques liés à la mafia sicilienne, notamment l'enlèvement et le meurtre de Giuseppe Di Matteo en 1996, sur ordre du mafioso Giovanni Brusca, en représailles à la collaboration de son père avec la justice italienne.
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