La seigneurie est fondée en 1304 lorsque le noble génois Benedetto Zaccaria capture l'île byzantine de Chios. Benedetto, étant déjà seigneur de Phocée sur la côte d'Asie mineure, justifie son geste à la cour byzantine en tant que celui-ci est nécessaire pour empêcher la capture de l'île par des pirates turcs. L'empereur byzantin, Andronic II Paléologue, impuissant afin d'intervenir militairement, accepte le fait accompli et lui accorde l'île comme fief, initialement pour une période d'une dizaine d'années, mais qui est ensuite renouvelée à intervalles de cinq ans[1],[2]. Benedetto meurt en 1307 et son fils, Benedetto II Paléologue Zaccaria, lui succède. Lorsqu'il meurt en 1314, l'île revient à ses fils, Martin et son frère, Benedetto III[2]. Chios est un petit domaine mais riche, avec un revenu annuel de 120 000 hyperpérion en or. Au cours des prochaines années, Martin en fait le cœur d'un petit royaume englobant plusieurs îles au large des côtes d'Asie mineure, dont Sámos et Kos[1]. Martin, accompagné de sa petite armée ainsi que sa flotte, remporte des succès considérables contre les pirates turcs et s'attire les éloges de ses contemporains latins, le pape, et Philippe Ier de Tarente, l'empereur latin de Constantinople titulaire, qui, en 1325, le nomme « Roi et Despote d'Asie Mineure »[1],[2].
Malgré les liens de Martin avec l'empereur latin, sous le règne d'Andronic II, les relations avec l'Empire byzantin restent bonnes et le bail de Chios est renouvelé en 1324. Au même moment, cependant, le comportement de Martin devient de plus en plus affirmé, et vers 1325, il congédie son frère en tant que co-gouverneur de Chios[2]. En 1328, le jeune et énergique Andronic III Paléologue succède à son grand-père sur le trône byzantin. L'un des nobles chiotes éminents, Léon Kalothétos, s'y rend au nom de la population chiote afin de rencontrer le nouvel empereur ainsi que son ministre en chef, Jean VI Cantacuzène, dans le but de proposer une reconquête de l'île. Andronic III accepte sans hésiter et, trouvant un prétexte dans la construction illégale d'une forteresse par Martin, fait voile contre lui avec une importante flotte[2]. Martin se barricade dans son château, or, après avoir été témoin de la défection de la population grecque autochtone et de la reddition de son frère, il décide lui aussi de capituler. Benedetto III propose initialement le droit de gouverner l'île au nom de l'empereur, toujours est-il que sa demande de recevoir la même autonomie et les mêmes droits que son frère est inacceptable pour Andronic III, et Kalothetos est nommé à sa place[1],[2].
Chios retourne sous contrôle byzantin où elle demeure jusqu'en 1346, lorsque le génois Simone Vignoso la capture, profitant de la guerre civile byzantine de 1341-1347. L'île devient le siège de la compagnie Maona de Chios et Phocée, et est soumise à la domination de la famille Giustiniani, qui la détient jusqu'en 1566, lorsqu'elle finit par capituler devant l'Empire ottoman.
