Le joueur contrôle un vaisseau spatial et doit abattre ses ennemis pour obtenir des points, tout en évitant les obstacles et tirs adverses.
Fonctionnant sur une base matérielle identique au Zaxxon original et doté d'un gameplay légèrement plus rapide ainsi que d'une difficulté plus élevée, le système de jeu de Super Zaxxon est similaire à son prédécesseur. Comme lui, le jeu utilise la perspective isométrique, où le joueur peut non seulement contrôler les mouvements latéraux du vaisseau, mais également ajuster sa hauteur[2]. Le scrolling est donc diagonal.
Les graphismes sont néanmoins différents du premier épisode, toutes les missions se déroulant cette fois sur une base d'astéroïdes. Il n'y a donc aucune bataille spatiale, contrairement au premier volet. En revanche, la structure du jeu est la même, tout comme les objectifs de mission. De nouveaux adversaires font leur apparition, tels que les tourelles indestructibles du niveau 1 et le Mine Layer du niveau 2. Contrairement au premier jeu où le joueur est confronté, lors de la bataille finale, au « Zaxxon », une énorme machine mobile, dans cette suite il doit affronter trois robots dragons. La machine « Zaxxon » n'apparait pas dans cet épisode[2].
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