Beaucoup de relations symbiotique ont pour base la syntrophie. Elle peut être, selon les cas, qualifié de commensale, mutualiste ou parasitaire.
En microbiologie, le terme « syntrophie » est très utilisé pour désigner une interaction métabolique entre partenaires microbiens dépendants, telle que la dégradation de composés organiques complexes dans des conditions anoxiques. Ce cas est particulier car il décrit une situation nutritionnelle dans laquelle deux ou plusieurs organismes combinent leurs capacités métaboliques pour cataboliser un substrat qui ne peut pas être catabolisé seulement par l'un ou l'autre. Dans ce cas, leur relation est profondément mutualiste d'où l'utilisation de l'expression « métabolisme obligatoirement mutualiste » Methanobacillus omelianskii illustre ce propos. Il s'agit d'une co-culture de deux partenaires microbiens en association métabolique étroite. Le premier organisme transforme l’éthanol en acétate et hydrogène, tandis que le deuxième utilise l'hydrogène pour transformer le CO2 en CH4[2].
La flore microbienne, qu'elle soit humaine ou animale, est un exemple de syntrophie mutualiste où des bactéries, microchampignons, protistes et virus interviennent dans de nombreuses voies métaboliques fondamentales comme la fermentation des sucres et des protéines ainsi que le métabolisme des acides biliaires et des xénobiotiques. Ils permettent la maturation du système immunitaire de l’hôte et celle de son épithélium intestinal[3].
La Coprophagie peut également être qualifiée de syntrophie. De nombreuses espèces se nourrissent et dépendent des excréments d'autres espèces, à l'instar des Bousiers dont la larve se nourrit de la pelote d'excrément confectionnée par les adultes. Les bénéfices n'étant pas directement réciproques pour l'hôte sans pour autant être négatifs, ce comportement est donc commensal. Par contre, la consommation de déjections de la part d'un carnivore n'est pas syntrophique car elle n'est pas obligatoire.
