Né le à Québec, Sébastien Gagnon a grandi à Métabetchouan au sud du Lac-Saint-Jean. Il est l'aîné des trois enfants de Léon-Maurice Gagnon et de Michelle Gobeil de Métabetchouan. Le , il épouse Cynthia Tardif, native d'Alma, dans la paroisse de St-Jérôme, à Métabetchouan. Ils ont deux enfants, Léa-Pascale et Luka.
Sébastien Gagnon est détenteur d'un Baccalauréat en administration des affaires de l'Université Laval spécialisé en Gestion des organisations, Administration des affaires et Commerce international. Il a également complété une maîtrise en développement des organisations à la même université.
Carrière politique
Le , il est élu candidat pour le Bloc québécois dans la circonscription Lac-Saint-Jean-Saguenay[1]. Il sera élu député de la circonscription le . Lors de l'élection fédérale canadienne de 2004, les circonscriptions Lac-Saint-Jean-Saguenay et Jonquière sont fusionnées et deviennent la circonscription Jonquière—Alma. Sébastien Gagnon confronte Jocelyne Girard-Bujold lors de l'investiture bloquiste et remporte cette dernière le [2]. Par la suite, il remportera l'élection fédérale du 28 juin 2004 dans cette même circonscription. Il a occupé le poste de porte-parole dans les champs de responsabilités Enfance et Jeunesse (2004) et développement régional (2004-2006). Dans le cadre de ses fonctions, il a été vice-président du caucus national des députés et président du caucus régional du Saguenay–Lac-Saint-Jean et porte-parole pour le Canada à l'Union interparlementaire à Genève, en Suisse, pour discuter et négocier des ententes et des positions sur le développement durable et le Bien commun mondial. Il participera en tant que délégué parlementaire à différentes missions diplomatiques (Pakistan, Lettonie, Lituanie et Estonie) pour traiter notamment du terrorisme, de la démocratie, des mines antipersonnel et du visa canadien. Il fut battu à l'élection fédérale de 2006 par le conservateurJean-Pierre Blackburn.
Lorsque sa carrière politique prend fin, il devient gestionnaire dans le réseau de la santé et des services sociaux à titre de Chef de service Approvisionnements du Centre de santé et de services sociaux de Chicoutimi (2017-2010), Directeur général du Centre Régional des Achats en Groupe des établissements de santé du Saguenay–Lac-Saint-Jean (CRAG) (2010-2014) et Directeur adjoint du Groupe d'approvisionnement en commun de l'Est du Québec (2014 à ce jour).
