Les premières mentions d'une église à Bex remontent au XIIe siècle et mentionnent une petite église catholique dédiée à saint Clément[1]. À la suite de l'invasion bernoise et de l'instauration de la Réforme protestante, une nouvelle église, protestante, est construite sur les lieux au XVIe siècle[2]. À la suite d'un dramatique incendie en 1813, l'édifice doit être entièrement reconstruit en 1813-1814, en conservant toutefois l'ancien clocher. Ce chantier est conduit par l'architecte lausannois Henri Perregaux, qui donne une touche néoclassique à l'édifice, en réalisant cependant un chœur semi-circulaire. Cette forme très particulière fait figure d'exception pour cette époque et dans cette région, mais a été souhaitée par les autorités municipales déjà à la fin du XVIIIe siècle[3],[4]. Classée monument historique en 1900[5].
Le clocher de l'église, inscrit comme bien culturel suisse d'importance nationale[6], a été construit en 1501, probablement par Jean Vaulet-Dunoyer, auteur de toute une série de beaux clochers dans la région du Vieux-Chablais et du Bas-Valais. Il est doté d'une flèche octogonale en tuf dont les faces sont légèrement concaves pour en réduire les angles[7]. La grosse cloche, toujours existante sera installée en 1513[8]. D'une hauteur de 52 mètres, il est le deuxième clocher le plus élevé du canton de Vaud après celui de la cathédrale de Lausanne[9].
Depuis 1697 au moins, le clocher est utilisé pour abriter les archives communales, comme c'est le cas dans plusieurs communes de la région[10]. Il a connu plusieurs restaurations, dont l'une, en 1947 à la suite du séisme du 25 janvier 1946 qui a nécessité le remplacement du porche et de la porte et la mise à jour des enduits de la voûte[11].