Variovorax paradoxus
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| Domaine | Bacteria |
|---|---|
| Embranchement | Proteobacteria |
| Classe | Beta Proteobacteria |
| Ordre | Burkholderiales |
| Famille | Comamonadaceae |
| Genre | Variovorax |
(Davis, 1969) Willems et al, 1991
Variovorax paradoxus est une bactérie à Gram négatif appartenant au genre Variovorax du phylum des Proteobacteria. Elle a été reclassifiée dans le genre Variovorax par Willems et ses collaborateurs en 1991 et était auparavant désignée sous le nom de Alcaligenes paradoxus[1].
Les souches de V. paradoxus peuvent être catégorisées en deux groupes : les oxydants d'hydrogène et les souches hétérotrophes, les deux étant aérobies[2].
Le nom de l'espèce paradoxus est issu du préfixe grec para- qui signifie "contraire à" et du nom grec doxa qui signifie "opinion" ; ainsi le nom paradoxus, "contraire à ce qui est attendu", se réfère au métabolisme organotrophe et également chimiolithotrophe facultatif de cet organisme. Ce nom d'espèce fait également redondance avec le nom de genre Variovorax ("divers-vorace"), qui signifie "dévorant des substrats variés". Ces deux noms reflètent la dichotomie des métabolismes de l'espèce, mais aussi sa capacité à utiliser une large gamme de substrats organiques[1].
Morphologie et physiologie
Les cellules de Variovorax paradoxus ont une forme de bâtonnet courbé, de taille moyenne 0,3-0,6 0,7-3,0 µm et se trouvent généralement en cellules individuelles ou en paires. Généralement, les cellules possèdent de 1 à 3 flagelles péritriches dégénérés. Les colonies de V. paradoxus ont une couleur jaune-vert, due à la production de pigments caroténoïdes, et ont souvent un éclat iridescent[3]. La forme des colonies est habituellement convexe, ronde et lisse, mais peut aussi montrer des bords plats et ondulés[1]. V. paradoxus a une croissance optimale à 30 °C dans la plupart des milieux de culture, dont le M9-glucose. Sur des plaques d'agar nutritif et d'agar M9-glucose, les colonies prennent 24 à 48 h pour grossir de quelques millimètres.
Le pantothénate constitue la source de carbone caractéristique utilisée par V. paradoxus ; c'est l'utilisation de cette seule source de carbone qui a mené à l'isolation de la première souche connue de V. paradoxus[2]. Des polyhydroxyalcanoates (PHA), dont le poly-3-hydroxybutyrate (3-PHB), sont stockés à l'intérieur des cellules de cette bactérie lorsque le carbone est abondant et que les autres facteurs environnementaux limitent la croissance[2],[3],[4].
Génome
Les génomes de quatre souches de Variovorax paradoxus ont été séquencés : S110[5], EPS[6], B4[7] et TBEA6[8]. La souche S110 a été isolée de l'intérieur d'une plante de pomme de terre et a été identifiée comme pouvant dégrader les N-acyl homosérines-lactones (AHL). Cette souche a deux chromosomes (de respectivement 5,63 et 1,13 Mb), un taux de GC de 67,4% et un nombre prédit de 6 279 cadres ouverts de lecture (ORF)[5]. La souche EPS a été isolée d'une communauté microbienne de la rhizosphère du tournesol (Helianthus annuus), et on l'a étudiée initialement pour sa motilité. Elle possède un chromosome (6,65 Mb), un taux de GC de 66,48% et un total de 6 008 gènes identifiés[6]. Les génomes des souches B4 et TBEA6 ont été séquencés avec un intérêt spécifique pour mieux comprendre les capacités des souches à dégrader respectivement le mercaptosuccinate et le 3,3-thiodipropanoate[7],[8].
Occurrence
Bactérie ubiquitaire, Variovorax paradoxus a été isolée depuis une large gamme d'environnements dont le sol[9],[10], la rhizosphère de plusieurs espèces de plantes[5],[9],[11], l'eau potable[12], les eaux souterraines[13], les suintements de fer d'eau douce[14], les dépôts de ferromanganèse des écosystèmes de cavernes carbonatées[15], les sédiments marins profonds[16], les déblais de mines d'argent[17], l'eau de drainage de mine d'argent-arsénopyrite[18], le lixiviat de pneus en caoutchouc[19] et la neige de surface[20]. Variovorax paradoxus est particulièrement abondante dans de nombreux environnements qui sont contaminés avec des composés organiques récalcitrants ou des métaux lourds. Elle est également communément trouvée dans les communautés microbiennes des rhizosphères de plantes et constitue une bactérie favorisant la croissance des plantes bien connue des chercheurs. C'est dans ces deux types d'environnements que V. paradoxus a été le plus intensément étudiée[3].
