Le Wakaba retourne dans les eaux du nord à partir de , poursuivant ses patrouilles de réapprovisionnement et ses missions de transport pour les îles Aléoutiennes. Le , il participe à la bataille des Îles Komandorski avec la 5e Flotte, qu'il rejoint à la fin avril. Quatre jours plus tard, il entre en collision avec le destroyer Ikazuchi, le navire rentre donc à Yokosuka pour les réparations avec les croiseurs légersNachi et Maya.
Après quelques réparations, il participe à l'évacuation des îles Aléoutiennes en juillet, au cours duquel il entre à nouveau en collision avec un destroyer, son sister-ship Hatsushimo. Les nouvelles réparations dureront deux mois.
Au début de 1944, il est réaffecté au quartier général de la flotte combinée, tout en patrouillant entre Yokosuka et Truk. De février à juin, il patrouille dans les eaux du nord puis effectue deux entretiens à Ōminato à la fin de mai et à Yokosuka fin juin. En juillet, il escorte deux convois de transport de troupes pour Iwo Jima pour renforcer les positions japonaises face à un futur débarquement américain. D'août à octobre, il escorte des convois de troupes de Kure vers Taiwan et Luçon.
Le , il participe à la bataille du golfe de Leyte, où il est coulé par des avions de l'USSFranklin, touché par une ou deux bombes au large de la côte ouest de Panay, à la position géographique 11° 50′ N, 121° 25′ E. Les Hatsuharu et Hatsushimo sauvent respectivement sauve 78 et 74 survivants.
Le destroyer est rayé des listes de la marine le .
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