Le jeu commence avec la défaite d'Orochi à la fin du premier jeu, les guerriers sont composés des Trois Royaumes pour la Chine et des guerriers de l'époque Sengoku pour le Japon. Les anciens officiers de l'armée Orochi se sont séparés et ont formé leurs propres armées, tandis que les autres non affiliés à Orochi, ont également commencé à créer leurs propres armées. Pendant ce temps, un complot est mené par Orochi lui-même.
De nouveaux personnages apparaissent, comme Sun Wukong le Roi Singe, Fu Xi, Nu Wa, Taigong Wang, Kiyomori Taira, Himiko, Yoshitsune Minamoto ainsi que Orochi X. Les personnages de Samurai Warriors 2 Xtreme Legends sont aussi introduits dans le jeu.