L'origine de l'église Saint-Étienne est très ancienne. Un nouvel édifice de style roman est consacré en 1186. En 1351, le chœur, reconstruit dans le style gothique, est à son tour consacré. Les collatéraux sont reconstruits en 1504. La tour est surélevée en 1510.
En 1523, la ville de Mulhouse passe au protestantisme, les catholiques dont la pratique religieuse est interdite sont alors chassés de l'église Saint-Étienne qui devient un lieu de culte réformé[2]. La tour est dotée d'un bulbe baroque en 1707. L'édifice, vétuste, est détruit en 1858, et le temple protestant Saint-Etienne de Mulhouse est construit à son emplacement, en réutilisant certaines pierres[3],[4].
En 1840, le conseil municipal décide de construire un nouvel édifice dans la ville, qui sera catholique. Les plans néogothiques sont réalisés par l'architecte de la ville, Jean-Baptiste Schacre, comme pour le temple et la synagogue de Mulhouse. La première pierre est posée en 1855. L'église est consacrée en 1860 par l'archevêque de Strasbourg[5],[6]. La décoration intérieure se poursuit jusqu'en 1895[7].
L'église est classée au titre des monuments historiques depuis 2007[8].
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