Fok1
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| Fok1のC末端ドメイン | |||||||||
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| 識別子 | |||||||||
| 略号 | Endonuc-Fok1_C | ||||||||
| Pfam | PF09254 | ||||||||
| Pfam clan | CL0415 | ||||||||
| InterPro | IPR015334 | ||||||||
| SCOP | 2fok | ||||||||
| SUPERFAMILY | 2fok | ||||||||
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Fok1（Fok-1）とは、Flavobacterium okeanokoitesに自然に見られる酵素であり、N末端のDNA結合ドメインとC末端の非特異的DNA切断ドメインからなるIIS型制限酵素である[2]。分子量は65.4 kDaであり、587アミノ酸で構成される。Fok1がそのDNA結合ドメインによりDNA上の認識配列5'-GGATG-3'にて二本鎖DNAに結合すると、Fok1のDNA切断ドメインが活性化され、配列特異性なしに、認識部位に最も近い位置にあるヌクレオチド、片方のDNA鎖の9ヌクレオチド下流およびもう片方のDNA鎖の13ヌクレオチド上流を切断する[3]。
認識ドメインは、ヘリックスターンヘリックスを含むカタボライト遺伝子活性化タンパク質のDNA結合ドメインに進化的に関連する3つのサブドメイン（D1、D2、D3）で構成される[3]。