KHドメイン

KHドメインはRNAまたは一本鎖DNAのいずれかに結合する。核酸は伸長したコンフォメーションでドメインの片側に結合する。結合は、ヘリックスα1とα2、GXXGループ、可変ループ（variable loop）の間に形成される溝で行われる^[5]。この溝は疎水的な性質を持ち、その他さまざまなタンパク質特異的相互作用によって複合体は安定化される。核酸塩基とタンパク質の芳香族側鎖とのスタッキング相互作用は他のタイプの一本鎖核酸結合モチーフで広くみられるが、KHドメインによる核酸認識ではこうした相互作用はみられない^[5]。

タイプI、IIと呼ばれる構造的に異なる2種類のKHドメインの存在が明らかにされている^[4]。タイプIは主に真核生物のタンパク質に存在し、タイプIIは主に原核生物のタンパク質に存在する。どちらのタイプも最小限のコンセンサス配列モチーフは共通であるものの、フォールドは異なる。タイプIはβシートを形成する3本のストランドは全て逆平行型であるのに対し、タイプIIでは3本のストランドのうちの2本は平行型配置となっている。タイプIはタンパク質中に複数コピー存在することが多いのに対し、タイプIIは各タンパク質に1コピーだけ存在するのが一般的である^[5]。