Tu-98は当時就役していたTu-16ジェット爆撃機を置き換える機体を制作するため試験機であった。当時世界最強クラスの性能を誇ったリューリカ製のアフターバーナー付きAL-7ターボジェットエンジンを2基搭載、超音速飛行が可能、また3tまでの熱核爆弾が搭載可能であったとされる。製作された2機のうち、1機が飛行テストに供され、さまざまなデータの収集が行われた。超音速で飛行する航空機の飛行特性などがまだよく分かっていなかった当時、この機体がもたらしたデータが極めて有用なものであったことは想像に難くない。しかし、飛行テスト用の機体は着陸時の事故によって失われてしまった。