コンラートは、ヴィッテルスバッハ伯オットー4世の息子で、バイエルン公オットー1世の弟である。ザルツブルクとパリで学んだ。1161年のローディ公会議で、フリードリヒ1世はマインツ大司教に任命され、同教区におけるルドルフ・フォン・ツェーリンゲンとクリスティアン1世・フォン・ブーフの分裂を終わらせた。同公会議で、フリードリヒ1世はアレクサンデル3世に対しウィクトル4世を対立教皇に任命した。1164年にウィクトル4世が死去すると、ケルン大司教ライナルト・フォン・ダッセルはルッカでパスカリス3世を対立教皇に選出した。コンラートはこの新しい対立教皇を支持することを拒否し、結果としてフリードリヒ1世と対立した。コンラートはフランスへ、そして1165年にローマへ逃亡し、大司教位はクリスティアン1世・フォン・ブーフに与えられたが、アレクサンデル3世は依然としてコンラートを正式な大司教として認めていた。12月18日、教皇は彼をサン・マルチェッロ・アル・コルソの枢機卿に任命し、その後サビーナの枢機卿司教に任命した。教皇は後にコンラートをカンパニアのソーラ司教に任命した。コンラートは、クリスティアン1世が帝国軍を率いてローマを占領する前に逃亡した。
1177年のヴェネツィア条約により、教皇はクリスティアン1世をマインツの正当な大司教として認めざるを得なかったが、コンラートは補償としてザルツブルク大司教位（コンラート3世）を与えられた。しかし、コンラートは自らをマインツの正当な大司教であると自認し続けた。1183年にクリスティアン1世が亡くなると、コンラートは再びマインツ大司教位に就くことができた。マインツは1160年、ゼーレンホーフェンのアルノルト大司教暗殺の罪で皇帝から特許状を剥奪されていた。要塞は当時すでに破壊されていたが、コンラートはそれを再建し、マインツ大聖堂を改修した。1184年、マーラウで開かれた「中世最大の祝祭」と呼ばれる聖霊降臨祭議会もコンラートの庇護下にあった。
1187年4月か5月、ゲルンハウゼン議会において、コンラートは他の司教たちを説得し、ローマに対する皇帝の大義を支持した。1188年3月、マインツで「キリストの法廷」（Curia Christi）が開かれ、第3回十字軍の布告がなされた。コンラートはハインリヒ6世が死去した1197年の4月17日に領土を発ち、十字軍を率いて出陣した。
コンラートは他の諸侯と共に、1196年に幼いフリードリヒ2世を国王に選出していた。コンラートは教皇ケレスティヌス3世の使節として聖地に滞在していた間、アンティオキア公国の君主継承に介入した。コンラートはボエモン4世ではなく、レーモン＝ルーペンをボエモン3世の後継者として認めさせようとした。1199年1月6日、コンラートは教皇の許可を得て、レヴォン2世を神聖ローマ帝国の属国の君主としてアルメニア王に戴冠した。同年後半、教皇インノケンティウス3世から新たな使節の権限を与えられ、コンラートは帰国した。1200年4月には、ドイツにおけるホーエンシュタウフェン家とヴェルフ家という対立勢力間の休戦協定の締結に成功した。
サビーナ司教枢機卿として、コンラートは1166年3月18日から1199年11月6日の間に発布された教皇勅書に署名した。1181年、ウバルド・アルチンゴリ枢機卿（教皇ルキウス3世）が教皇に選出されると、コンラートは枢機卿団の新たな首席枢機卿となった。
コンラートはハンガリー王国からマインツに戻る途中、政治的対立をめぐるイムレとアンドラーシュ2世の兄弟との和解を果たした。その際、ニュルンベルクからヴュルツブルクへ向かう途中、アイシュ川沿いのノイシュタット近郊のリートフェルトで亡くなった。コンラートは自身が拡張したマインツ大聖堂に埋葬された。
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神聖ローマ帝国
マインツ大司教領、マインツ大聖堂