属の特徴は西川[1]による。学名と分類体系はWorld Register of Marine Species[3]に従い、有効名とされるもののみを挙げた。
なお、2012年に発表された分子系統学に基づく分類体系では、以下の3属に加えて、従来の体系ではエダホシムシ科に含まれるエダホシムシ属、マキガイホシムシ科に含まれるクビナガホシムシ属とマキガイホシムシ属、スジホシムシ科に含まれるPhascolopsisも本科にまとめている[4]。
フクロホシムシ属 Golfingia Lankester, 1885は、収縮管に柔毛がないことでカザリフクロホシムシ属、牽引筋が2本ではなく4本あることでカスミフクロホシムシ属と異なる。
Golfingia Lankester, 1885とSpinata Cutler & Cutler, 1987の2亜属を含む。
この属は研究者がゴルフを、その発祥の地とされるセント・アンドルーズでプレイしているときに発見された個体に基づいて提唱された。そのため、学名は「ゴルフに敬意を表して」命名されたものである[5]。
- Golfingia (Golfingia) anderssoni (Théel, 1911)
- Golfingia (Golfingia) birsteini Murina, 1973
- Golfingia (Golfingia) capensis (Teuscher, 1874)
- Golfingia (Golfingia) elongata (Keferstein, 1862) - トゲフクロホシムシ
- Golfingia (Golfingia) iniqua (Sluiter, 1912)
- Golfingia (Golfingia) margaritacea (Sars, 1851) - イケダホシムシ
- Golfingia (Golfingia) mirabilis Murina, 1969
- Golfingia (Golfingia) muricaudata (Southern, 1913) - ヒモフクロホシムシ
- Golfingia (Golfingia) vulgaris (de Blainville, 1827)
- Golfingia (Spinata) pectinatoides Cutler & Cutler, 1979
カスミフクロホシムシ属Nephasoma Pergament, 1946はフクロホシムシ属と同じく収縮管に柔毛を持たないが、牽引筋は2本しかない。Cutlerensis (Popkov, 1991)とNephasoma Pergament, 1946の2亜属を含む。
- Nephasoma (Cutlerensis) rutilofuscum (Fischer, 1916)
- Nephasoma (Nephasoma) abyssorum (Koren & Danielssen, 1876)
- Nephasoma (Nephasoma) abyssorum abyssorum (Koren & Danielssen, 1876)
- Nephasoma (Nephasoma) abyssorum benhami (Stephen, 1948)
- Nephasoma (Nephasoma) bulbosum (Southern, 1913)
- Nephasoma (Nephasoma) capilleforme (Murina, 1973)
- Nephasoma (Nephasoma) columbaris Kawauchi & Rice, 2009
- Nephasoma (Nephasoma) confusum (Sluiter, 1902)
- Nephasoma (Nephasoma) constricticervix (Cutler, 1969)
- Nephasoma (Nephasoma) constrictum (Southern, 1913)
- Nephasoma (Nephasoma) cutleri (Murina, 1975)
- Nephasoma (Nephasoma) diaphanes (Gerould, 1913)
- Nephasoma (Nephasoma) diaphanes corrugatum Cutler & Cutler, 1986
- Nephasoma (Nephasoma) diaphanes diaphanes (Gerould, 1913)
- Nephasoma (Nephasoma) ditadii Kawauchi & Rice, 2009
- Nephasoma (Nephasoma) eremita (Sars, 1851)
- Nephasoma (Nephasoma) filiforme (Sluiter, 1902)
- Nephasoma (Nephasoma) flagriferum (Selenka, 1885)
- Nephasoma (Nephasoma) laetmophilum (Fisher, 1952)
- Nephasoma (Nephasoma) lilljeborgi (Danielssen & Koren, 1880)
- Nephasoma (Nephasoma) minutum (Keferstein, 1862)
- Nephasoma (Nephasoma) multiaraneusa (Murina, 1967)
- Nephasoma (Nephasoma) novaezealandiae (Benham, 1904)
- Nephasoma (Nephasoma) pellucidum (Keferstein, 1865)
- Nephasoma (Nephasoma) pellucidum pellucidum (Keferstein, 1865)
- Nephasoma (Nephasoma) pellucidum subhamatum (Sluiter, 1902)
- Nephasoma (Nephasoma) rimicola (Gibbs, 1973)
- Nephasoma (Nephasoma) schuettei (Augener, 1903)
- Nephasoma (Nephasoma) tasmaniense (Murina, 1964)
- Nephasoma (Nephasoma) vitjazi (Murina, 1964)
- Nephasoma (Nephasoma) wodjanizkii (Murina, 1973)
- Nephasoma (Nephasoma) wodjanizkii elisae (Murina, 1977)
- Nephasoma (Nephasoma) wodjanizkii wodjanizkii (Murina, 1973)
カザリフクロホシムシ属Thysanocardia (Fisher, 1950)は、フクロホシムシ科では唯一、収縮管に柔毛を持つ。
- Thysanocardia catharinae (Grube, 1868)
- Thysanocardia nigra (Ikeda, 1904) - クロホシムシ
- Thysanocardia procera (Möbius, 1875)
