あるニューヨーク市のアパートで、コロンビア人の麻薬ギャングの首領カーと、首領ランブの両グループによる取引が行われていた。その最中、透明になった謎の生命体（プレデター）による襲撃があり、銃撃戦の末にギャングたちは抹殺される。すでにニューヨーク市の警察が現場の建物周辺で待機するなか、ニューヨーク市警察の刑事シェイファーとその相棒ラッシュは車で現場へ向かう。待機していた警官から建物の周りに待機してくれと頼まれるが、アパートの窓からギャングの死体がパトカーの上に落ちるのを見て、2人はアパートの中に入り込み、部屋の中へ乗り込むと、コロンビア人の麻薬ギャングたちの、血まみれになった死体と、全裸で天井にぶら下がった死体があった。そのとき、生き残りのギャングの首領カーが発砲しながら逃走していく。そして、警察の特殊部隊SEALが現場に到着し、2人はSEALのリーダーから「これはただの殺しではない、手を引け」と警告される。2人は現場から立ち去る際、SEALに案内され現場に現れた1人の軍人とすれ違う。
そのころ、地下鉄では乗客が殺される事件が発生。電車内が突然暗くなり、乗客のひとりが護身で携帯していた銃を取り出した、その瞬間乗客達は何者かに殺されたのである。通報を聞いたシェイファーとラッシュが地下鉄の現場へ向かうと、電車内は血まみれで、乗客の死体の中には全裸で天井に手を縛りつけられた死体があった。麻薬ギャングたちの死体とよく似た状況であった。
そこへ、フィリップス少将ら軍関係者が現れる。警察と軍関係者らは事件の真相を隠蔽しようと、シェイファーとラッシュにこの事件から手を引けと言い放つ。しかし、フィリップス少将は、2人をバーに連れ、中米での要人救出任務失敗（『プレデター』）以降行方不明のシェイファーの弟、ダッチ・シェイファーを探すため、中米での任務を引き受けてくれと頼む。しかし、シェイファーは捜査を続けるためにこれを断る。
シェイファーは、麻薬ギャングたちが殺されたアパート内を再び調査する。その際、シェイファーは再びやってきたプレデターに襲われ、首に盗聴機を埋め込まれる。シェイファーは逆らい、その勢いで、プレデターはヘルメットが外れる。素顔を現したプレデターはアパートでギャングを襲った際、首領カーがプレデターに言った言葉「彼にいくつかのキャンディ与えよう」と言い放ち、シェイファーはプレデターに蹴られて5階から転落、怪我を負うものの一命をとりとめる。その際、プレデターのヘルメットを手に入れたシェイファーはラッシュに助けられ、救急車で病院へ搬送される。
事態を認識したシェイファーは行方不明の弟ダッチを探すための意味も込めて、フィリップス少将との取引を決意し、中南米バル・ベルデのジャングルでの任務を引き受ける。ジャングルでは2体のプレデターの襲撃を受け、闘いの末にシェイファーはプレデターを倒す。しかし、その後エシュヴィラ首領率いる麻薬武装組織・カリ・カルテル（Cali Cartel）に襲われる。シェイファーは捕まり、アジトで首領エシュヴィラに拷問などを受ける。しかし、隙を見て脱出し、武装組織のメンバーを倒しながらジャングルへと逃亡する。その直後、3人のプレデターがアジトへと現れ、生き残った組織メンバーを皆殺しにする。ジャングルへと逃げ出したシェイファーは、フィリップス少将が待つヘリコプターに乗り込んで脱出する。
そのころニューヨークのラッシュは、2度目にアパートを調査した際に拾った、プレデターの擬態能力付ヘルメットを調べていた。その過程で、プレデターの宇宙艦隊が接近していることが判明する。そのとき、FBIの特別捜査官が現れてラッシュを逮捕する。一連のプレデター事件を隠蔽しようと意図し、事件の何を知っているのかを尋問しようとしたのだ。しかし、ラッシュはFBIの尋問から逃走する。
南米からヘリコプターで脱出してきたシェイファーは、軍側に事実を隠蔽することを強要される。そのため、シェイファーはヘリ内で反乱を起こし、進路をニューヨークへと向ける。
その後、武装を整えて相棒のラッシュと合流したシェイファーは、麻薬ギャングのアジトで首領カーと対決する。その最中に、またしてもプレデターが現れ、2人は襲われる。さらに、プレデターの宇宙船にも取り囲まれ、攻撃を受ける。アパートは破壊されるが、シェイファー、ラッシュ、カーはその場から脱出する。プレデターと戦うため、彼らは一時的に手を組み協力体制に入る。
首領カーはプレデターと闘うため、武装ギャングを集結させるが、ラッシュはこれに反対し、対立する。シェイファーもカーを信用できないと考えてはいたが、手を組む事を選ぶ。そしてシェイファーとラッシュ、そしてカーの武装ギャング一味はプレデター軍団との戦闘を開始する。警察部隊も駆け付け、ニューヨークはプレデターとの全面戦争状態に突入する。戦いで多くの犠牲者が出るなか、シェイファーもまた、プレデターに倒され殺されそうになる。しかし、フィリップス将軍のヘリが来たとき、プレデターはなぜかとどめを刺すのをやめ、プレデターたちは宇宙船に乗り去っていく。
