メラーはシュレースヴィヒ（スリースヴィ）北部のイェアプステズ教区(Hjerpsted Sogn)に生まれた（1865年からプロイセン王国領、1920年からデンマーク領）。1867年にキール大学に入学して古典文献学を学んだ。ライプツィヒ大学、ミュンヘン大学、ベルリン大学、ブレスラウ大学を経て、1875年にライプツィヒ大学の博士の学位を取得した[1]。
1878年からキール大学の比較言語学とゲルマン語学の私講師として教えた。1883年にはコペンハーゲン大学の講師の職につき、1888年にゲルマン語文献学教授に就任した[1]。
