メタファイトEX

戦闘車両（メタル・アタッカー/ソフィア）に搭乗しながら進むサイドビューステージと、各地に点在する入り口から進入するトップビューステージを行き来しながらゲームを進めていく。

全8エリアで、ゲームの進行状況はパスワードで記録する事が可能。完全新作というよりは初代のアレンジ移植的な側面があり、ゲーム内容は一作目に準じ、各エリアの特徴（エリア5が水中ステージでエリア6が氷のステージであるなど）も初代と同じであるが、サイドビューステージ及びダンジョンステージの構造は初代と異なっており、その他にも各エリアのダンジョン最深部にいるボスが変更されていたり、新たなアイテムが登場しているなどの違いが見られる。例えば、初代ではパワーアップアイテムはボスを倒して入手するため、ボスの部屋を目指す以外でダンジョンを探索する必要は無かったが、今作ではボスが落とす以外にもアイテムが配置され、探索の意義が生まれた。また、今作は国内版でもオープニングデモが用意されており、エンディングも一枚絵と文章による演出がある。一方、トップビュー時の斜め移動など、初代から削除された要素もある。また、マップの切り替えはスクロールではなく暗転で行われる。

今作も初代と同じく日本国内版と日本国外版で世界観とストーリーが異なっている。

• POWアイテム - 「P」の文字。車両及び主人公のPOWメーター（ライフ）を1メモリ回復する。ただしサイドビューステージの時に主人公が取ると2メモリ回復する。
• HOVアイテム - 「H」の文字。車両のHOVメーターを1メモリ回復する。
• GUNアイテム - ダンジョンステージに出現。主人公の銃をパワーアップさせる。敵の攻撃を受けると銃はパワーダウンする。
• ホーミングミサイルアイテム - ホーミングミサイルの残数が増える。前作のホーミング・ミサイルとほぼ同じだが、ミサイルの弾道がやや異なる。
• サンダーボルトアイテム - サンダーブレイクの残数が増える。前作のサンダー・ブレイクとほぼ同じ。
• 3WAYアイテム - 3WAYの残数が増える。前作の多弾頭ミサイルとほぼ同じ。
• カギ - 各エリアのダンジョンステージに1～2本落ちているカギ。これを全て集めないとボスのいるダンジョンに入る事ができない。

前作と同様、車両のオプションは各エリアのボスを倒すと入手できる。

• ハイジャンプ - ジャンプの幅や高さが上がる。
• エンジン - 車両のエンジンの馬力が上がる。特定の場所を走行して進む事ができるようになる。
• ホバー - HOVメーターを消費してホバリング飛行する事ができる。ゲージが無くなるとホバリングできなくなる。
• GUN1 - サイドビューステージでの主人公の銃攻撃のダメージと射程がアップする。また、サイドビューステージにある特定のブロックを壊す事ができるようになる。
• ダイブ - 車両で水中を自由に移動できるようになる。
• ウォール1 - 壁を吸着走行できるようになる。アイテム選択画面で着脱する事ができる。
• ウォール2 - 天井を吸着走行できるようになる。ウォール1と同じく着脱する事ができる。

ゲームクリアには必須ではないアイテム。各エリアに隠されている。

• クラッシャー - 車両の通常攻撃の威力がアップする。
• H（ハイブリッド）アーマー - 車両のPOWメーターの最大目盛り数が8から10へと増える。
• GUN2 - 主人公のGUNメーターの最大目盛り数が3から8へと増える。
• ランチャー - ダンジョンステージでの主人公の手榴弾攻撃がランチャーへとパワーアップし、射程が伸びる。
• ショットガン - ダンジョンステージでショットガンを使えるようになる。アイテム選択画面で手榴弾（もしくはランチャー）と切り替えて使用する。

宇宙歴2052年にはじまった「インベム暗黒星団」との戦いはソフィア第三惑星側の勝利に終わり、戦いに勝利をもたらした戦闘万能車両「メタル・アタッカー」はその任を終え、封印されることとなった。

それから55年後の宇宙歴2107年、惑星ソフィアに最も近いラムダ銀河の辺境にある惑星シータで、謎の墜落事故の痕跡が発見された。それは、200年前に宇宙殖民と動物を乗せた輸送シャトル「L-229」が起こしたものであった。彼らは変化しながら生き延びて凶暴化しており、もはやソフィアに危機をもたらすのも時間の問題となっていた。この事態に惑星ソフィアの衛星ノーラの科学アカデミーは「メタル・アタッカー」の封印を解き、搭乗者として天才少年パイロットのレオナルド・ガードナーを選ぶと、惑星シータへ送り込むのであった。

レオナルドの活躍により凶暴化した生物は倒され、惑星シータに平和が戻る。役目を終えたメタル・アタッカーは再び封印された。

何度も世界を救ってきたジェイソン・フラドニックだが、戦いに疲れて遠くの地で新たな生活を始めた。しかしそんなある日、訪ねて来た怪しげな女に「我々の生み出した闇の生物を捕まえて…いいえ、殺して下さい」と依頼される。彼女は科学者であり、かつてジェイソンが倒したプルトニウム・ボスから採取した組織サンプルによって機械と生物が融合した有機種を作り出した。しかしそれは暴走し、地下研究施設で暴れ回っていると言う。ジェイソンは戦闘万能車両「ソフィア」の封印を解き、また冷たい戦いの渦中へと戻ることを自嘲気味に呟きながら何度目かの戦いに赴く。

激しい戦いの末にジェイソンは有機種を倒し、その核を焼却する。戦いは終わり、再びソフィアを封印したジェイソンは平穏な日々に戻るのだった。

レオナルド・ガードナー

日本版『メタファイトEX』の主人公。かつての戦いの英雄「ケイン・ガードナー」の子孫であり、同じく天才的な操縦センスを持つ少年。ケインと違って茶髪である。

ジェイソン・フラドニック

海外版『Blaster Master: Enemy Below』の主人公であり、Blaster Masterシリーズの主人公。何度も地球を救ってきた英雄だが、終わらない戦いに疲れて静かな生活を送っていた。オープニングデモで見せる姿は『Blaster Master』の時と同じ。