2000年6月26日に運用を開始した[1]。2009年には、1つのドメインで最大1000のメールアカウントを作成できる無料サービス「Yandex.Mail for domain」を開始[4][2]。2010年には個別のスパムフィルターが追加された。2011年にメール翻訳機が追加され、英語とウクライナ語の翻訳が可能となり、その後2016年からは40言語が利用できるようになった[5][6][2]。
2012年、ヨーロッパで急成長し、最も人気のある5つのメールサービスの1つとなり、月に2万5千の新規登録者を獲得した[7]。
2013年、メールテンプレート機能が追加。2013年6月からは、受信メールを種類で区別する「メールマーカー」が搭載された[8]。
2020年9月、Yandex.Mail 360がYandex.Mail for domainへ移行した。これは、メール、ディスク、カレンダー、メッセンジャー、連絡先、ノートという複数のYandexサービスを統合したもので、ユーザーに20GBの無料スペースを提供する[9]。
