ラクトバチルス目

乳酸菌の分類体系は、1900年代にグラム陽性、乳酸発酵（ホモ発酵またはヘテロ発酵）によりラクトバチルス属、ペディオコッカス属、ストレプトコッカス属、ロイコノストック属の4属とされた。これに形状（桿菌及び球菌）、カタラーゼ陰性が条件に加えられた。1980年台には細胞壁ペプチドグリカン組成、菌体脂肪酸組成によりストレプトコッカス属からラクトコッカス属とエンテロコッカス属が独立し、ラクトバチルス属からカルノバクテリウム属が独立した。同時期にDNAのGC含量が利用されるようになり、乳酸菌はグラム陽性の低GC含量群に含められた。1990年代、16S rRNA系統解析が導入された結果、乳酸菌のほとんどがラクトバチルス目に含まれることとなった。Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 第2版により、ラクトバチルス目は、アエロコックス科、カルノバクテリウム科、エンテロコッカス科、ラクトバチルス科、ロイコノストック科、レンサ球菌科（ストレプトコッカス科）の6科に分類された^[13]。2020年にロイコノストック科がラクトバチルス科に統合されて以降は5科となっている^[10]。

現在受け入れられている分類法は、List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclatureの原核生物名リストに基づいており^{[14] [15]}、系統分類は、'The All-Species Living Tree' Projectの16S rRNA系統解析のLTPリリース106に基づいている^[16]。