ラヴォスが去った後ルッカが彼を修理するまで、プロメテドームで故障して機能を停止していた。A.D.1000年へ帰るために時代を移動するゲートを探していたクロノ、マール、ルッカの一行に加わったロボは同型ロボットであるRシリーズ達6体から、彼が本当は人間を殺すために作られたものであり、欠陥品であったため捨てられたことを知る。同型機達は裏切り者のロボを痛めつけた。クロノ達が彼らを倒すと、ロボを引っ張って行き、再びルッカが修理した。その際にルッカから直ったら何がしたいかを訊かれ、クロノ達一行について歴史を変えるという新しい目的を得ることとなった。
しかし、この目的は仲間だったロボット達から役立たずの欠陥品と言われたロボの中に葛藤をもたらした。終盤のサブイベントにおいて、ロボは自身が作られたジェノサイドームに立ち寄る。そこで人間を滅ぼそうとするマザーブレーンと姉妹機アトロポス145と対峙することとなるのだが、その際、ロボこと本名プロメテスは、人間と行動を共にしてその生態を知るためのいわゆるスパイであったことが発覚する。しかしロボはその本来の任務を拒み、哀しい戦いの末にアトロポスを狂気から解放する。アトロポスは、最期に彼女のリボン（ロボの能力値の上昇）を残して機能を停止する。その後マザーブレインを倒すと、ジェノサイドームの機能を停止させ、彼の仲間は生まれてこなくなった。
また、別のサブイベントではA.D.600年の中世で砂漠化を食い止めて森を復活させようとする女性フィオナに協力する事になる。砂漠化を引き起こすモンスターを駆除しても、森を元に戻すためには何百年も働き続ける必要があった。ロボはその役を買って出、以後中世のフィールドには種まき、水やり、耕耘、カカシ役をするロボが出現する。この間に彼は、クロノ達を時代を超えた旅にいざなったのは誰かの意思によるものではないのかと考えるようになり、A.D.1000年の再生した森のフィオナ修道院で御神体として奉られていたところをクロノ達に回収されたところでそれを話した（そのときに森の樹液を固めて作った「みどりのゆめ」という戦闘不能を一度だけ自動回復するアクセサリーが手に入る）。
ラヴォスを倒した後、エンディングによっては、ルッカとの別れのシーンでオイルでアイセンサーが霞んで機械にぶつかるロボが見られる。歴史改変により廃墟で生まれた自らの存在が消えてしまうかも知れないにもかかわらず、ルッカを慰め気丈に振る舞う心優しい性格。なお、どのエンディングを見るかによるが、改変後の未来でも無事な姿を見る事が出来る。
プレイステーション版のエンディングムービーではロボと同じデザインの小さなロボットをルッカが作っていた。