昌泰2年（899年）、宇多法皇が、東七条宮を後院とすべく区画内に新たな建物を加えようとした際、古井戸から不動明王像がみつかった。これは、当該の区画が古くは空海（弘法大師）が嵯峨天皇より賜った東寺の鬼門にあたり、空海自身が発見した霊力ある石に不動明王像を彫り付け、人目に触れぬよう埋めたものだと判り、法皇は勅令でその井戸を封じたという。
菅原道真の死去した延喜3年（903年）8月に、「皇太夫人藤原温子、東七条宮に遷御あらせらる」という記録がある。
承平元年（931年）7月19日の宇多法皇崩御後、後院として使われることはなく寺院となり、跡地には不動堂明王院がある。