所在地は北九州市小倉北区にあるが、城内の市役所本庁舎ではなく、大手町にある小倉北区役所庁舎6階に置かれている。
他の教育委員会同様、本来の委員会組織と事務局組織（教育庁であるが北九州市はそのような名称を用いない）から成り立っているが、北九州市は福岡市とともに政令指定都市であるため、市独自で教員採用活動を行っている。
事務局組織は、総務課・学事課・教職員課・企画調整課・学校保健課・施設課ほか、業務によって課などに分けられている。教育委員会会議の開催のほか、いじめへの対策として意識調査を実施、さらに学校の合併や新設などを行っている。
なお、北九州市立大学についてはもともと別組織となっていたが、後に公立大学法人となって経営面においても市から分離された。
