組織は教育局・教育環境部・学校教育部・生涯学習部などに分かれており、それぞれの部門には教育総務室・総合学習センター・学務課・学校保健課・学校施設課・学校教育課・教職員課・生涯学習課・文化財保護課・スポーツ課ほか、業務によって課などに分けられている。教育委員会会議の開催のほか、いじめへの対策として意識調査を実施、さらに学校の合併や新設などを行っている。
2007年度全国学力調査(学力テスト)結果について、相模原市情報公開・個人情報保護審査会が「学校ごとの平均正答率は公開すべきだ」と答申したが、答申に従わず、市全体の正答率だけ公開すると決めた。